C’est leur second opus, Siamese Dream, sorti en 1993, qui les place parmi les grands groupes de rock des années 1990. L’album affirme déjà la puissance et la délicatesse de la musique et des textes de Billy Corgan sur le fameux « difficile 2^e album », qui caractérisent l’ensemble de l’œuvre du groupe. Cet album est généralement considéré comme leur chef-d’œuvre. Comme pour Gish, il est enregistré sous la houlette du producteur Butch Vig, qui multiplie les effets de style, comme l’overdub.